747-400ERF Zmodyfikowany 747-400ER, nad którym prace rozpoczęto 30 kwietnia 2001. Budową maszyna podobna jest do 747-400F, jednak ma znacznie zwiększoną pojemność cargo. Maksymalna masa startowa wynosi 412 000 kg, a maksymalny załadunek 112 760 kg. W trybie zamówienia linie lotnicze mogą wybrać pomiędzy dodatkowymi 9980 kg załadunku bądź zwiększonym zasięgiem do maksymalnego, czyli o 972 km więcej niż wersja podstawowa 747-400. Maksymalny zasięg samolotu wynosi 9200 km – około 525 km więcej niż pozostałe 747-400. Ponadto 747-400ERF ma wzmocniony kadłub, części skrzydeł, podwozie, a także nowe, większe opony.
Boeing wyprodukował 40 maszyn tego typu. Pierwszy został dostarczony do Air France (przez ILFC) 17 października 2002. Ostatni egzemplarz trafił do odbiorcy 22 grudnia 2009 roku.
747-400BCF Boeing 747-400BCF (od ) to specjalna, towarowa wersja 747-400.
Pierwszy egzemplarz trafił do Cathay Pacific w 2005 roku.
Odbiorcami są m.in. , Japan AirlinesBoeing: Boeing and JAL Turn 747-400BCF Options to Firm Orders., Martinair Cargo (przez Guggenheim Aviation Partners), Korean Air i Singapore Airlines.