Prorektor do spraw klinicznych Wydziału Medycznego Akademii Śląskiej od 2019 roku.
Praca w Klinice Kardiochirurgii w Zabrzu Od 1973 roku pracował w Klinice Kardiochirurgii w Zabrzu początkowo pod kierunkiem prof. Tadeusza Paliwody, w latach 1984–1988 był zastępcą prof. Zbigniewa Religi, gdzie wspólnie z nim uczestniczył w pierwszych udanych transplantacjach serca i w pierwszym zastosowaniu mechanicznego wspomagania niewydolnego serca.
Praca w Klinice Kardiochirurgii w Katowicach W 1988 roku zoorgaznizował I Klinikę Kardiochirurgii Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach Ochojcu, którą kierował do roku 2013. W I Klinice Kardiochirurgii, w której do 2010 roku zoperowano ok. 20 000 chorych, Andrzej Bochenek wyszkolił 13 specjalistów w zakresie kardiochirurgii i 13 specjalistów chirurgii ogólnej, stopień doktora nauk medycznych uzyskało 12 lekarzy, a 4 lekarzy uzyskało stopień doktora habilitowanego, a jeden z nich został profesorem. Klinika jest znana z dużego doświadczenia w chirurgicznym leczeniu choroby wieńcowej, operacji małoinwazyjnych choroby wieńcowej z użyciem endoskopii (MIDCAB) i operacji endowizyjnych zastawki mitralnej.