Nie liczył się ze stanowiskiem możnowładców, doprowadził do zamknięcia kilku zborów kalwińskich, a czary goryczy dopełnił zakaz obrad parlamentu.
W odpowiedzi na to czescy deputowani, mimo ostrzeżeń ze strony cesarza Macieja, zebrali się 22 maja 1618 roku w Pradze i wraz z tłumem prażan zdobyli zamek na Hradczanach. Dzień później doszło do słynnej drugiej defenestracji praskiej – wyrzucenia przez okna zamkowe urzędników cesarskich Wilhelma von Slavaty i Jarosława von Martinica, oskarżonych o łamanie listu majestatycznego.
Zwołane naprędce Stany Generalne zdetronizowały Ferdynanda, a na jego miejsce wybrały Fryderyka V, elektora Palatynatu, zwanego później zimowym królem. Jego panowanie było bardzo krótkie – połączone siły Ferdynanda i Ligi Katolickiej rozgromiły armię czeską 8 listopada 1620 roku w trwającej dwie godziny bitwie na Białej Górze, a Praga znów dostała się w ręce Ferdynanda. Zwycięski władca zastosował surowe represje i podjął politykę germanizacji Czech, a w 1627 ogłosił nowy statut Królestwa Czeskiego (Vernewerte Landesordnung), na mocy którego tron stał się dziedziczny. Odtąd Habsburgowie nie musieli zabiegać o względy szlachty czeskiej, aby zapewnić sobie sukcesję.