W czasie I wojny światowej w miejscowości miały miejsce walki austriacko-rosyjskie. 11 listopada 1914 roku Lipnicę Murowaną, Rajbrot i okoliczne tereny zajęli Rosjanie przygotowując się do ataku na fortyfikacje Krakowa. Z tego okresu zachował się cmentarz wojenny nr 299 z grobami 63 żołnierzy, na którym pochowani zostali również polscy legioniści.
W 1934 r. Lipnica Murowana utraciła prawa miejskie.
W czasie II wojny światowej w Lipnicy Murowanej działał 12 Pułk Piechoty regionalny oddział Armii Krajowej. Przeprowadził on 26 lipca 1944 roku Akcję Wiśnicz – atak na niemieckie więzienie, która była jedną z największych akcji uwolnienia więźniów przez polskie podziemie przeprowadzonej w czasie niemieckiej okupacji Polski.
29 października 1944 roku Niemcy przeprowadzili pacyfikację wsi wraz z pacyfikacjami okolicznych miejscowości – Lipnicy Dolnej oraz Lipnicy Górnej. Wzięło w niej udział wojsko, policja oraz kolaborujące z niemieckim okupantem jednostki „własowców”.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Lipnica Murowana. W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie tarnowskim.