Położenie Wojnicz leży na Podgórzu Bocheńskim w Kotlinie Sandomierskiej, na obszarze zapadliska przedkarpackiego. Niedaleko miasta przebiega granica jednostek geologicznych: zapadliska przedkarpackiego, obejmującego tereny na południe od Wojnicza, oraz nasuniętych na niego od południa, Karpat fliszowych, reprezentowanych przez Pogórze Wiśnickie. W niektórych regionalizacjach zachodnia część Wojnicza leży na Wysoczyźnie Wojnickiej. Wysoczyzna ta przylega bezpośrednio do progu Pogórza. Jej wierzchowina niejednostajnie opada w kierunku północnym. Gród powstał na wyspie otoczonej mokradłami na równinie zalewowej doliny dolnego Dunajca.
Układ przestrzenny W układzie przestrzennym wyróżnić można trzy strefy: centrum – obejmującą zwartą zabudowę wokół Rynku miejską – obejmującą historyczny układ ulic, działek, zabytkową zabudowę z reliktami fortyfikacji średniowiecznej oraz zespół dworu starostów wojnickich z parkiem i zabudowaniami folwarcznymi podmiejską – na obrzeżach miasta, o luźniejszej strukturze z zabudową mieszkaniową, a w północnej części wzdłuż drogi krajowej z terenami przemysłowo- usługowymi Integralną część miasta stanowią dzielnice: Ratnawy, Zamoście, Błonie, Kolonia, Podlesie i Wolice.