W roku 1921 ludność żydowska Bobowej liczyła 565 osób, co stanowiło 39,7% ogółu mieszkańców. Po wybuchu II wojny światowej schroniło się tam wielu Żydów, ich liczba wzrosła wówczas do niemal 1300. Latem 1941 Niemcy wykorzystywali ich do prac przymusowych, a w październiku tego roku utworzyli getto, w którym zamknięto 2200 osób. 13 sierpnia 1942 getto zostało zlikwidowane, większość Żydów rozstrzelano w Stróżówce koło Gorlic.
9 lipca 1943 wieś została spacyfikowana. W trakcie akcji dowodzonej przez gestapowca Juliusa Garblera oraz dowódcę posterunku żandarmerii z Dębicy Hansa Kocha, Niemcy zabili 18 osób, w tym członków podziemnych organizacji. 50 mieszkańców zostało wywiezionych na roboty przymusowe do NiemiecJózef Fajkowski, Jan Religa: Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939–1945. Warszawa: Wydawnictwo Książka i Wiedza, 1981, s. 424.
W latach 1339–1934 miejscowość posiadała prawa miejskie. Następnie do końca roku 2008 była wsią. 1 stycznia 2009 odzyskała status miasta (Fotokopia)..