w XIX w. ulegające dewastacji zabudowania monasterskie zostały otoczone murem.

Życie monastyczne w klasztorze zostało reaktywowane w 1904, ze zmianą typu monasteru na żeński. W Monasterze Terapontowskim zamieszkały mniszki z monasteru Narodzenia św. Jana Chrzciciela w Leuszynie na czele z ihumenią SerafinąПреподобномученица Cерафима.. W 1924 władze radzieckie zdecydowały o zamknięciu monasteru.

W czasach ZSRR Monaster Terapontowski został zaadaptowany na muzeum fresków wykonanych na jego terenie przez mnicha Dionizego. Od 1975 placówka ta zaczęła również prowadzić działalność edukacyjną oraz badawczą. W 2000 kompleks dawnego klasztoru znalazł się na Liście Światowego Dziedzictwa UNESCO. Monaster Terapontowski jest jednym z rzadkich przykładów jednolitego stylowo monasteru o architekturze i wystroju typowym dla obiektów tego typu powstających między XV a XVII wiekiem na Rosyjskiej Północy. Jest to prawdopodobnie jedyny klasztor w tym regionie, który zachował oryginalne elementy wnętrza.

W 2018 r. Rosyjski Kościół Prawosławny ogłosił ponowne utworzenie męskiej wspólnoty monastycznej na terenie historycznego Monasteru Terapontowskiego. W posiadaniu Cerkwi pozostaje jeden dawny budynek administracyjny klasztoru - pozostała część nadal mieści muzeum.

Przypisy