Od tamtego czasu konflikt przybrał charakter walk między siłami Izraela i chrześcijanami a siłami prosyryjskimi i regularną armią Syrii. W ostatnim okresie wojny z Syrią (1988–1990) na czele chrześcijan jako tymczasowy prezydent stał generał Michel Aoun, który został jednak pokonany i zmuszony do emigracji. Po podpisaniu porozumienia z Taif z 1989 roku władzę w Libanie przejęli politycy prosyryjscy.
14 lutego 2005 były premier Libanu, Rafik al-Hariri został zabity. Wywołało to masowe demonstracje opozycji, która oskarżyła Syrię o to zabójstwo. Syria zaprzeczyła tym oskarżeniom. Protesty te określono jako „cedrowa rewolucja”. Pod wpływem protestów oraz nacisków ONZ i krajów arabskich, Syria wycofała swoje wojska z Libanu 25 kwietnia 2005. W maju–czerwcu 2005 r. blok antysyryjski wygrał wybory, następnie 19 lipca 2005 władzę objął nowy rząd, którego premierem został Fouad Siniora, co stało się zwieńczeniem „cedrowej rewolucji”. Liban stał się ponownie, po niemal 30 latach syryjskiej okupacji, w pełni wolnym państwem.