Eksperyment wywołał wiele kontrowersji w świecie nauki. Naukowcy zarzucali Zimbardo szereg nieprawidłowości przy organizacji badania, a po trzydziestu latach zdecydowano się na jego replikację. Wyniki okazały się zupełnie odmienne od eksperymentu w Stanford. Strażnicy byli każdego dnia coraz bardziej bierni, co zaczęli nawet wykorzystywać więźniowie, domagając się nowych przywilejów. Nie miały miejsca żadne przejawy agresji. Kiedy autorzy replikacji próbowali opublikować swoje wyniki w British Journal of Psychology, odkryli, że Zimbardo, dowiedziawszy się o tym, napisał do redaktorów, starając się powstrzymać publikację, twierdząc, że ich wyniki są szalbiercze. Mimo to artykuł ukazał się w 2006 roku.
Klinika nieśmiałości Philip Zimbardo poświęcił wiele czasu na badanie zjawiska nieśmiałości. Efektem jego pracy jest wiele artykułów na ten temat oraz znana, przetłumaczona na 10 języków (w tym polski) książka „Shyness: What it is, What to do about it" (Nieśmiałość. Co to jest?