Kaplica świętych Piotra i Pawła 200px|left|thumb|C. Ceresa, Św. Wincenty w chwale strzegący miasta Jest to trzecia kaplica z lewej strony, naprzeciwko kaplicy Trójcy Świętej. Ołtarz jest wykonany na podstawie projektu Nicoli Salviego. Kaplica została dedykowana świętym apostołom w 1793. Nastawa, przedstawiająca świętych Piotra i Pawła przekazujących św. Barnabie ewangelizację Bergamo w obecności Maryi, obfituje w odniesienia symboliczne. Marmurowe postacie apostołów Jana i Judy Tadeusza są dziełem Giovanniego Sanza.
Kaplica św. Wincentego i św. Jana XXIII Po minięciu transeptu, po prawej stronie znaleźć można wejście do Kaplicy św. Wincentego, pierwszego patrona kościoła. W 1689 kapituła wyraziła wolę poświęcenia jednej z kaplic św. Wincentemu. W tym celu została wykorzystana nastawa ołtarzowa Św. Wincenty w chwale strzegący miasta autorstwa Carlo Ceresy z połowy XVII w. Malowidło jest ciekawe z historycznego punktu widzenia, ponieważ przedstawia panoramę Bergamo z tamtych lat. Ołtarz został zaprojektowany przez kanonika i architekta Marco Alessandriego, a wykonany przez Bartolomeo Manniego w 1703. Z 1705 pochodzi wiszący w kaplicy obraz anonimowego autora, przedstawiający męczeństwo świętego, a z 1766 pochodzą stacje drogi krzyżowej, rozmieszczone na ścianach.