na rp.pl.. Krytykował protestanckie odłamy chrześcijaństwa, m.in. kalwinizm, luteranizm i braci polskich i polemizował z ich przedstawicielami. Ponadto propagował ideę unii Kościoła katolickiego z Kościołem prawosławnym.
Najbardziej dziś znane i cenione dzieło królewskiego kaznodziei – Kazania sejmowe – nie było utworem cenionym za życia twórcy. Już w latach dwudziestych XX wieku Adam Bergi dowiódł, że owe kazania nigdy nie zostały wygłoszone. Mimo kilku wznowień Kazania sejmowe nie doczekały się za życia twórcy samodzielnego wydania (ukazywały się wyłącznie jako dodatek do innych tekstów), nie odbiły się także szerszym echem w ówczesnej opinii publicznej (w przeciwieństwie do innych jego tekstów). Z rzadka wspominali o nich tylko następcy Skargi na dworze królewskim. Utwór jako pomnik polskiego języka literackiego i utwór o istotnej wartości politycznej odkryto dopiero na przełomie XVIII i XIX wieku, gdy polityczne proroctwa (Skarga stylizował tekst kazań na proroctwo w myśl XVI-wiecznych norm retorycznych) upadku państwa nabrały charakteru rzeczywistego zagrożenia.