Stosuje się również na błony śluzowe jako środek przeciwzapalny i bakteriobójczy, przeciw rzęsistkom (irygacje i tampony), a nawet we wczesnych stanach nowotworowych w porozumieniu z onkologiem. Ze względu na właściwości przeciwzapalne i bakteriobójcze nagietek lekarski znalazł zastosowanie także przy leczeniu stanów zapalnych spojówek i przemęczeniu oczu (jest składnikiem niektórych kropli do oczu). Zapobiega nadmiernemu wysuszeniu narządu wzroku i łagodzi jego podrażnienia. Wewnętrznie zaleca się przetwory z nagietka w nieżycie żołądka i jelit, a zwłaszcza w przewlekłym i opornym na inne leki wrzodzie żołądka i dwunastnicy oraz we wrzodziejącym zapaleniu jelita grubego. Również w stanach zapalnych dróg żółciowych spowodowanych infekcją, w niedomodze wątroby i upośledzeniu jej czynności po przebytym wirusowym zapaleniu lub uszkodzeniu przez trujące związki (np. toksyny grzybów). Pomocniczo i w skojarzeniu z innymi lekami podaje się je w nieoperacyjnych postaciach raka żołądka, stanach przednowotworowych w przewodzie pokarmowym (np. długo utrzymującym się zapaleniu błon śluzowych, owrzodzeniu z krwawieniami, braku poprawy po innych lekach) itp. Dobre wyniki osiąga się w zaburzeniach miesiączkowania połączonych z bólem, ogólnym osłabieniem, zawrotami głowy, a także w dolegliwościach okresu przekwitania (klimakterium).