Po sowieckim najeździe na Litwę w 1940 objął funkcję burmistrza stolicy, następnie zaś przewodniczącego Tymczasowego Komitetu Wykonawczego w WilnieHenryk Wisner, Litwa: dzieje państwa i narodu, Wydawnictwo „Mada”, Warszawa 1999, s. 223.. Pracował również w Gospłanie. W czasie II wojny światowej ukrywał się w Wilnie, m.in. dzięki pomocy Marii FedeckiejErna Podhoritzer, Pani Maria pomogła, „Fołks-Sztyme”, nr. 59 (1257) z 16 kwietnia 1960, tłum. z jidysz Dr. Rasza Szlep-Fessel, opublikowane na stronie poświęconej postaci Marii Fedeckiej, Sprawiedliwej Wśród Narodów Świata..
thumb|upright=1.1|Grób Jana i Gertrudy Drutów na Powązkach Wojskowych w Warszawie
Po zakończeniu wojny został mianowany wiceprezesem Centralnego Urzędu Planowania z ramienia PPR (1946–1947), następnie zaś dyrektorem Departamentu Ekonomicznego w Ministerstwie Rolnictwa (1947–1948). Po tzw. zjednoczeniu ruchu robotniczego w Polsce został członkiem PZPR. W latach 1948–1951 sprawował funkcję ambasadora w RP w Ankarze, następnie zaś PRL w Rzymie (1952–1959) i w Paryżu (1961–1969). Po powrocie do Polski był dwukrotnie dyrektorem departamentu w MSZ (1959–1961;