Klasyfikacja i ewolucja Ze względu na niekompletność skamieniałości Aldabrachampsus jego bliższe pokrewieństwo jest niemożliwe do ustalenia. W najbardziej parsymonicznych drzewach wygenerowanych w analizie filogenetycznej przeprowadzonej przez Brochu Aldabrachampsus należy on do grupy Osteolaeminae jako takson siostrzany dla Voay robustus lub do rodzaju Crocodylus, gdzie zajmuje pozycję siostrzaną względem Crocodylus palaeindicus. Inne pozycje filogenetyczne wewnątrz Osteolaeminae lub Crocodylus otrzymały jednak tylko nieznacznie mniejsze wsparcie. Według Brochu zaliczenie A. dilophus do osobnego rodzaju niż do Crocodylus jest bardziej zasadne, gdyż jego bliskie pokrewieństwo z C. palaeindicus wspiera tylko jedna cecha, a odnalezione do tej pory szczątki pozwalają przypuszczać, że odkrycie bardziej kompletnych skamieniałości potwierdzi bliższe pokrewieństwo z krokodylem krótkopyskim niż z Crocodylus. Ze względu na niepewne pokrewieństwo Aldabrachampsus jego biogeograficzne pochodzenie również pozostaje niejasne, jednak najprawdopodobniej nie był on krokodylem endemicznym dla atolu Aldabra, lecz dotarł tam z innych terenów, przypuszczalnie z Madagaskaru, gdzie żył prawdopodobnie blisko z nim spokrewniony Voay.