Daremne poszukiwania La Pérouse’a kontynuowano żeglując najpierw ku wyspom Santa Cruz (nie zbadano ich dokładnie, tracąc szansę na rozwiązanie zagadki), następnie wzdłuż południowych wybrzeży Wysp Salomona i północnej krawędzi Luizjadów, przez Cieśninę Dampiera, wzdłuż północnych wybrzeży Nowej Brytanii, południowej krawędzi archipelagu Admiralicji, a wreszcie na północ od Nowej Gwinei i ponownie na południe ku Molukom.
Tymczasem na pokładach okrętów nie działo się najlepiej, jako że, podczas gdy oficerowie w większości byli rojalistami, załogi opanował rewolucyjny nastrój. W dodatku Kermadec zmarł na gruźlicę w Zatoce Balade, a 21 lipca 1793 zmarł na szkorbut sam d’Entrecasteaux. W tej sytuacji dowodzenie wyprawą przejął d’Auribeau, zaś de Rossel zajął miejsce Kermadeca. Nowy dowódca poprowadził okręty do Surabai. Tam dowiedziano się, że we Francji proklamowano Republikę, więc 18 lutego 1794 roku d’Auribeau przekazał obie fregaty władzom holenderskiej kolonii, by nowe władze rewolucyjne w Paryżu nie mogły mieć z nich pożytku. D’Auribeau zmarł miesiąc później, a de Rossel opuścił Jawę w styczniu 1795 roku na pokładzie holenderskiego statku i w kwietniu dotarł do Zatoki Stołowej. Stąd – niespodziewanie – statek odpłynął z dokumentacją ekspedycji, ale bez Rossela;