W międzyczasie skład wykazu zmieniał się. Zmieniały się także wartości możliwych punktów, a maksymalną liczbę punktów (początkowo 24, od 2012 roku 50) przyznano nie tylko Nature i Science, ale również innym pismom. Liczba punktów pism z listy A była uzależniona od ich wskaźnika cytowań. W wykazie z 2019 czasopism z najmniejszą liczbą punktów (20) jest 10649, a z najwyższą (200) – 754. W wykazie tym pismom przyporządkowano dyscypliny naukowe. Punktowane są również, w nieco odmienny sposób, naukowe publikacje w wydawnictwach książkowych oraz zbiorach pokonferencyjnych.
System oceny czasopism (jak również oceny naukowców i jednostek naukowych) budzi szereg kontrowersji. Krytycy twierdzą, że wybór pism i ich punktacja jest arbitralna, a ocena na podstawie wskaźnika cytowań jest obarczona wadami. Kontrowersje budzi również zmiana list w trakcie trwania okresów podlegających ewaluacji, przez co artykuły publikowane w czasie obowiązywania danego wykazu mogą ostatecznie dostać zupełnie inną punktację. Krytykę wzbudziło również punktowanie czasopism bez uwzględnienia zdania Komisji Ewaluacji Nauki, dzięki której zrównano poziom najbardziej prestiżowych czasopism międzynarodowych z lokalnymi polskimi pismami wcześniej znacznie niżej punktowanymi, które było zatwierdzane przez ministra Przemysława Czarnka.