Główne kierunki medycyny ewolucyjnej skupiają się na takich obszarach jak: Ewolucja patogenów (w tym wirulencja, odporność na antybiotyki, zmienność, genetyka) oraz ich wpływ na odpowiedź immunologiczną organizmu. Kompromisy i konflikty zdrowotne wynikające z mechanizmów ewolucji. Reakcja organizmu na zakażenia i infekcje. Zdolności organizmu do zabezpieczania się przed infekcjami, leczenia z infekcji, rekonwalescencji po zakażeniach i urazach. Rola układu odpornościowego, reakcji obronnych organizmu, gorączki i przebiegu jednostek chorobowych. Nabywanie odporności. Wpływ procesu adaptacji rodzaju ludzkiego na przestrzeni tysiącleci do otaczającego środowiska i jej wpływ na organizm człowieka. Skupienie uwagi pacjentów i lekarzy nie tylko na reagowaniu na chorobę, ale na procesach pozwalających długo utrzymać dobry stan zdrowia (odpowiednia dieta, prawidłowa masa ciała, regularny wysiłek fizyczny, właściwa higiena) Minimalizacji używania środków farmaceutycznych (naturalnych i chemicznych); stosowaniu tylko sprawdzonych, skutecznych, naukowo przebadanych substancji w leczeniu ostrych i przewlekłych chorób;