Kontrowersje W 2005 roku wyszło na jaw, że spora część jednego z artykułów Macieja Manikowskiego (opublikowanego w 1996 roku) ma charakter plagiatu (wyimki przepisane z książki Włodzimierza Łosskiego) dr Marek Wroński, "Wstyd po latach", Forum akademickie, nr 3/2005., Forum akademickie, nr 3/2009.. Manikowski tłumaczył, że brak przypisów spowodowany został dziwaczną usterką techniczną; najpoważniejszą konsekwencją, jaka go spotkała, była nagana. Po latach okazało się, że zapożyczone z cudzych prac fragmenty zdarzały się Manikowskiemu już wcześniej.
Inne wątpliwości budzi doktorat Macieja Manikowskiego. Pierwsza próba doktoryzacji została powstrzymana przez negatywne zdanie opiniujących rozprawę profesorów Jana Woleńskiego i Andrzeja Siemianowskiego. Rok później jednak Manikowski obronił pracę, tym razem, mimo tradycji nakazującej utrzymać w podobnych sytuacjach tych samych recenzentów, recenzowaną przez innych naukowców.