Po agresji Niemiec na ZSRR (Operacja Barbarossa) 22 czerwca 1941, Sokal będący na linii frontu, został zdobyty przez Niemców już pierwszego dnia. Przemyślany zostały zdobyte 1 lipca. Rabin ukrył się i uniknął niemieckich patroli, lecz nie mógł uciec bez swojego brata. Mordechaj wysłał swoją żonę i córkę do domu ojca w Kobryniu, podczas gdy żona Aharona i jego pięcioro dzieci pozostało w Przemyślanach pod opieką jednego z chasydów. Wszyscy zostali potem zamordowani przez hitlerowców.
Dzięki wysiłkom oraz pieniądzom od zagranicznych członków bełskiego ruchu chasydzkiego Mordechaj z bratem zostali przetransportowani razem z dwoma innymi chasydami do Wiśnicza, następnie do getta w Bochni, potem do getta krakowskiego, a następnie znów do Bochni, unikając łapanek i deportacji. Podczas ucieczki bracia wydostali się z okupowanej Polski na Węgry (dzięki agentowi wywiadu węgierskiego zaprzyjaźnionemu z Żydami). Uciekinierzy wyposażeni w charakterystyczne odznaki oraz ze zgolonymi pejsami zostali wzięci za rosyjskich generałów i przetransportowani do Budapesztu celem udzielenia wyjaśnień. Aharon i Mordechaj 8 miesięcy spędzili w Budapeszcie, a potem otrzymali od agencji żydowskiej certyfikaty uprawniające do wyjazdu do Izraela.