Spiskowcy, wśród których byli Juan de Esperandeo, Mateo Rama, Tristan de Leonis, Bernard Leofant i Antoni Gran, pod wodzą Juana de la Abadia dopadli go w końcu w nocy z 15 na 16 września 1485(istnieją też opracowania datujące zamach o dobę wcześniej, tj. z 14 na 15 września), gdy modlił się samotnie przed ołtarzem głównym katedry w Saragossie, gdzie przybył, by odmówić zwyczajowe modlitwy przewidziane regułą kanoników. Do katedry weszło ośmiu zamachowców, którzy zaatakowali go nożami. Zmarł dwa dni później wskutek odniesionych obrażeń między godziną pierwszą a drugą w nocy z 16 na 17 września.
Przeprowadzone następnie śledztwo wykazało, że w spisek przeciw niemu było zaangażowanych wiele wpływowych osobistości, głównie z grona konwertytów, co spowodowało zmianę nastrojów wśród "starych chrześcijan" i podsyciło niechęć wobec Żydów. Aragońskie kortezy zgodziły się na zawieszenie fueros i całkowicie zrezygnowały z dalszej opozycji wobec inkwizycji.