sportu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, gdy stanowisko premiera zajmował Leszek Miller.
W 2005 wystartował w wyborach do Sejmu z okręgu białostockiego z listy Samoobrony RP, uzyskując mandat poselski liczbą 4236 głosów. W Sejmie V kadencji objął funkcję przewodniczącego Komisji Kultury Fizycznej i Sportu. Zasiadał też w Komisji Łączności z Polakami za Granicą i był wiceprzewodniczącym Podkomisji nadzwyczajnej do rozpatrzenia rządowego i poselskiego projektów ustaw o zmianie ustawy o bezpieczeństwie imprez masowych.
W przedterminowych wyborach w 2007 nie został ponownie wybrany (otrzymał 630 głosów). W lutym 2008 wykluczono go z Samoobrony RP.
Postępowania karne i dyscyplinarne 8 stycznia 2006 został zatrzymany za prowadzenie samochodu w stanie nietrzeźwym (1,48‰ w pierwszym badaniu i 1,30‰ w drugim). Prokurator Prokuratury Rejonowej w Warszawie wniósł za to przeciw niemu do sądu akt oskarżenia. Janusz Wójcik zgodził dobrowolnie poddać się karze 10 tys. zł grzywny i dwuletniemu zakazowi prowadzenia samochodów.
22 października 2008 został zatrzymany przez policję w związku z aferą korupcyjną w polskiej piłce nożnej. Prokurator przedstawił mu 11 zarzutów dotyczących ustawienia ośmiu meczów Świtu Nowy Dwór Mazowiecki w 2004. Wrocławski sąd zastosował wówczas wobec niego poręczenie majątkowe w wysokości 500 tys.