Pokój kłodzki zawarty w 1137 roku między Bolesławem Krzywoustym a Sobiesławem I zakończył rozpoczętą w 1132 roku polsko-czeską wojnę o Śląsk, utrwalając rolę Kłodzka jako ważnego grodu na północno-wschodnich rubieżach Czech.

W 1278 książę wrocławski Henryk IV Prawy otrzymał ziemię kłodzką w dożywocie od króla niemieckiego Rudolfa I Habsburga, przypuszczalnie w zamian za zrzeczenie się jego praw opiekuna nad małoletnim Wacławem II. Jeszcze przed śmiercią Probusa w 1290 r. Kłodzko wróciło pod bezpośrednią władzę Przemyślidów. W latach 1327–1335 była zastawem w rękach Henryka VI, księcia wrocławskiego, potem w latach 1336–1341 na podobnych zasadach – jako lenno króla czeskiego – jej dożywotnim włodarzem był Bolko II Ziębicki.

W czasie wojen husyckich często pustoszona przez najazdy (głównie w latach 1425–1434), które rozpoczął w 1428 atak Prokopa Wielkiego. Wielokrotnie nawiedzana przez epidemie i lokalne wybuchy zarazy. Kolejne dziesięciolecia to czasy tzw. raubritterów, rycerzy-rabusiów. Głównym ich przedstawicielem na tych ziemiach był od połowy lat trzydziestych XV wieku , osiadły w Náchodzie i na zamku Homole. Dopiero w 1444 został pobity przez wojska miasta Wrocławia oraz usunięty ze sceny politycznej przez Jerzego z Podiebradów.