Landratami byli tu ludzie z zewnątrz, odmiennie niż na Śląsku, gdzie król mianował lokalnych przywódców szlachty, aby na nich oprzeć swoją świeżą władzę. Ponadto utrzymana została przecież kościelna podległość hrabstwa wobec archidiecezji praskiej, co należy wyjaśnić niechęcią papieży do protestanckich królów pruskich, a bliższymi związkami z arcykatolickimi włodarzami habsburskiego imperium.
Traktat pokojowy w Hubertusburgu z 15 lutego 1763 kończący wojnę siedmioletnią w Europie ugruntował panowanie Prus nad ziemiami Śląska. Cesarzowa Maria Teresa zrzekła się ostatecznie praw do Śląska i ziemi kłodzkiej na rzecz Prus, a Fryderyk II wyraził swoje poparcie dla jej syna Józefa II w jego staraniach o koronę cesarską.
Ziemia kłodzka została potem spustoszona w czasie tzw. wojny kartoflanej, czyli wojny o sukcesję bawarską w latach 1778–1779. Pamiątką wojen z XVII i XVIII w. jest kaplica w Czermnej, w której zgromadzono tysiące czaszek z tamtego okresu.
W państwie pruskim zerwanie tradycyjnych więzi i szlaków handlowych z resztą Czech wywołane represyjną polityką celną Berlina oraz przesunięcie na peryferia spowodowało załamanie się dotychczasowych źródeł dochodu ludności, co pogrążyło region w stagnacji.