Uzyskał wówczas mandat radnego miasta, z którego wkrótce zrezygnował.

W 2005 nie przystąpił do tworzonej przez działaczy Unii Wolności Partii Demokratycznej – demokraci.pl, nie zgadzając się na udział w nowym ugrupowaniu osób związanych z SLD. Udzielił również poparcia Lechowi Kaczyńskiemu jako kandydatowi na prezydenta.

Działalność w III RP od 2005 Jako kandydat niezależny (reprezentujący Komitet Wyborczy Wyborców Bogdana Borusewicza), będąc popieranym przez PiS oraz PO, uzyskał mandat senatora w wyborach parlamentarnych w 2005, startując w okręgu gdańskim. 20 października tego samego roku głosami senatorów Prawa i Sprawiedliwości oraz Platformy Obywatelskiej został wybrany na marszałka Senatu VI kadencji. Zakończył urzędowanie z dniem 4 listopada 2007.

W wyborach parlamentarnych w 2007 zdecydował się wystartować do Senatu jako kandydat Platformy Obywatelskiej. Po raz drugi uzyskał mandat senatora z okręgu gdańskiego (z wynikiem 267 066 głosów). Nie przystąpił do klubu parlamentarnego PO, pozostając senatorem niezrzeszonym.