Eskadry Pancerników (1st Battle Squadron) tworzonej właśnie Grand Fleet, podnosząc swą flagę na nowoczesnym HMS „Marlborough”.
We wrześniu 1914 roku został dowódcą , z promocją do stopnia wiceadmirała. Storpedowanie i zatopienie podczas ćwiczeń 1 stycznia 1915 roku jednego z podległych mu przeddrednotów, HMS „Formidable”, spowodowało jednak odwołanie go z tej funkcji. Stanął przed sądem wojennym, który oczyścił go z zarzutów. Po powrocie do marynarki został komendantem Royal Naval Colledge w Greenwich.
W lipcu 1915 roku powrócił do służby liniowej, zostając dowódcą Western Approaches, zespołu sił eskortowych, zwalczających niemieckie okręty podwodne na zachód od Wysp Brytyjskich, z bazą w Queenstown w Irlandii. W 1917 roku pod jego dowództwo trafiły również, oddelegowane do zadań eskortowych na wodach europejskich, niszczyciele amerykańskie. W tym samym roku Lewis Bayly awansował do stopnia pełnego admirała (Admiral). Jako dowódca sił brytyjsko-amerykańskich preferował wspólne działania marynarzy obydwu sprzymierzonych krajów, tworząc mieszane zespoły okrętów, a swoim szefem sztabu mianując oficera US Navy, komandora Joela R. P. Pringle’a. Był to pierwszy przypadek pełnienia takiej funkcji w Royal Navy przez zagranicznego oficera.