Schönerer na czternaście miesięcy trafił do więzienia.

Na ławy Reichsratu wrócił w 1897, kiedy został wybrany posłem z ChebuPiotr Majewski „Niemcy sudeccy 1848-1948. Historia pewnego nacjonalizmu”, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego 2007, s. 111.. Skrajne poglądy sprawiły, że Schönerer nigdy nie opuścił marginesu sceny politycznej. W 1907 r. nie udało mu się obronić miejsca w austriackim parlamencie, a liczba deputowanych, która popierała jego poglądy zmniejszyła się do trzech. Kierowany przez niego ruch polityczny rozpadł się, a większość jego członków przyłączyła się do Niemieckiego Zjednoczenia Narodowego (późniejszej Niemieckiej Partii Narodowej) lub Partii Chrześcijańsko-Społecznej.

Mimo że jego partia nie odniosła dużych sukcesów na arenie politycznej, prezentowana przez niego ideologia znacząco wpłynęła na młodego Adolfa Hitlera oraz formułę działania NSDAP. Sam Hitler określił go jako myśliciela wspaniałego i głębokiego. Przypisuje mu się autorstwo pseudo-średniowiecznego pozdrowienia „Heil!”. Nazywany był przez swoich popleczników „führerem”. Oba te słowa na stałe weszły do słownictwa używanego przez zwolenników ideologii nazistowskich. W kolejnych latach przywódca antyklerykalnego ruchu Los-von-Rom-Bewegung.