Na początku sezonu 2003, Skaife stał się właścicielem zespołu HRT. Było to związane z kłopotami finansowymi dotychczasowego właściciela, grupy TWR Toma Walkinshawa. Po dobrym sezonie 2003, w którym był trzeci, kolejne były dla Marka nieudane, aczkolwiek w 2005 odniósł piąte zwycięstwo w wyścigu Bathurst 1000.
W sezonie 2006 odniósł 7 zwycięstw, jednak w pozostałych wyścigach często miał awarie i wypadki, przez co w klasyfikacji uplasował się dopiero na 16. miejscu. W kolejnych sezonach było niewiele lepiej (8. i 14. miejsce) i pod koniec sezonu 2008 ogłosił, że jest to jego ostatni rok jako regularnego kierowcy. W tym samym czasie też odsprzedał resztę posiadanych udziałów w zespole HRT Tomowi Walkinshawowi.
Przez kolejne trzy sezony (2009–2011) Skaife startował jako kierowca w wyścigach długodystansowych V8 Supercars, najpierw w parze z Gregiem Murphy, a potem przez dwa lata z Craigiem Lowndesem, z którym wygrał w 2010 po raz szósty wyścig Bathurst 1000.