Sezon 1999/2000 to prawdziwy przełom w drużynie. Do zespołu trafił Roy Makaay (8,6 mln euro), César Martín, Víctor Sánchez oraz Jokanovic. 19 maja 2000 roku Deportivo La Coruna zostało mistrzem Hiszpanii. Historyczny sukces świętowało 200 tysięcy osób na ulicach La Corunii. Do tego sukcesu przyczynili się przede wszystkim: Songo’o – Romero, Naybet, Donato, Manuel Pablo – ‘Turu’ Flores, Mauro Silva, Flávio Conceiçao, Víctor Sánchez, Djalminha – Makaay. W roku 2000 ze składu ubyli: Flávio Conceição oraz Pauleta. 31 mln euro zarobione na tych dwóch piłkarzach pozwoliło na ściągnięcie do klubu trio z Atlético: Molinę, Capdevilę oraz Valeróna, pomocników: Duschera, Emersona i Césara Sampaio oraz napastników Pandianiego i Tristána.
Bardzo dobry początek sezonu 2000/2001 (wyjątek to porażka 0:3 na Bernabeu) i pierwsze w historii punkty w Lidze Mistrzów (remis z Panathinaikosem 1:1, wygrana z HSV 2:1 i bezbramkowy rezultat w Juventusie). Klub wyszedł z grupy z pierwszego miejsca, wygrał na wyjeździe w kolejnej fazie rozgrywek z PSG. W lidze hiszpańskiej Deportivo w grudniu było na 1. miejscu, później przyszedł kryzys. Najpierw przyszła porażka w LM z Milanem 0:1, potem odpadnięcie z Copa del Rey z 2-ligowym Tenerife, a w lidze tylko 4 punkty z możliwych 12. Sezon zakończyli jednak jako wicemistrzowie kraju.