W latach 1997–2001 sprawował mandat posła na Sejm III kadencji z ramienia Akcji Wyborczej Solidarność, wstąpił do utworzonego po wyborach w Ruchu Społecznego AWS. Od października 1997 do października 2001 zajmował stanowisko ministra bez teki w rządzie Jerzego Buzka, pełnił wówczas funkcję koordynatora służb specjalnych. Od 3 września do 7 października 1999 był również pełniącym obowiązki ministra spraw wewnętrznych i administracji. W 2001 nie uzyskał ponownie mandatu posła. W październiku tego samego roku na wniosek posła Marcina Libickiego otrzymał od ustępującego premiera Jerzego Buzka specjalne świadczenie emerytalno-rentowe w wysokości 1800 złotych miesięcznie. Przeszedł na rentę i wycofał się z polityki. Został m.in. pracownikiem Muzeum Narodowego w Gdańsku.
Po odejściu z polityki powrócił do swoich pierwotnych zainteresowań historią. Wydał liczne publikacje naukowe i zestawienia źródłowe dotyczące historii sztuki, wśród nich takie prace jak: Malarze gdańscy (tom 1 i 2, 2009) oraz Artyści i rzemieślnicy artystyczni Gdańska, Prus Królewskich oraz Warmii epoki nowożytnej (2019).