Prezbiterium jest nieco węższe, jednoprzęsłowe i zamknięte półkoliście, z zakrystią od strony północnej i kaplicą Matki Boskiej od strony południowej. Ściany nawy i prezbiterium rozczłonkowane pilastrami o kapitelach kompozytowych, podtrzymującymi belkowanie z ząbkowanym gzymsem. Sklepienia nawy i prezbiterium reprezentują typ mieszany krzyżowo–kolebkowy i wspierają się na łękach sklepiennych, sklepienia w nawach bocznych stanowią eliptyczne kopułki, natomiast w zakrystii i kaplicy Matki Boskiej jest sklepienie kolebkowe z lunetami.
Wystrój wnętrza thumb|Oryginalny obraz Matki Boskiej Dzikowskiej Na program ikonograficzny polichromii w prezbiterium i nawie składają się sceny z życia Chrystusa (Przemienienie Pańskie, Ukrzyżowanie, Zmartwychwstanie, Wniebowstąpienie) natomiast w kaplicy Matki Boskiej – sceny z życia Matki Boskiej (Zwiastowanie, Wniebowzięcie, Koronacja).
Ołtarz główny jest dziełem Fabiana Möllera powstałym ok. poł. XVII w., przeniesionym w 1783 z kolegiaty zamojskiej. Jego dekoracje stanowią rzeźby Matki Boskiej z Dzieciątkiem, Michała Archanioła i czterech aniołów; w polu środkowym umieszczony jest obraz Przemienienia Pańskiego pochodzący przypuszczalnie z I. poł. XVII w.;