W połowie XVI w. w Jazdowie zbudowano duży drewniany dwór królowej Bony, który został później podmiejską siedzibą jej córki, Anny Jagiellonki, oraz Stefana Batorego. Prawdopodobnie był też tymczasową siedzibą Zygmunta III Wazy, w czasie gdy przebudowywano Zamek Królewski w Warszawie – nowej stolicy Polski (1596).
12 stycznia 1578 na dworze w Jazdowie miało miejsce pierwsze przedstawienie tragedii Jana Kochanowskiego Odprawa posłów greckich. Wydarzenie to uświetniało uroczystość weselną Jana Zamoyskiego i Krystyny Radziwiłłówny, na której była też obecna para królewska Stefan Batory i Anna JagiellonkaJan Pelc, Jan Kochanowski a Warszawa. Premiera „Odprawy posłów greckich” w podwarszawskim Ujazdowie w 1578 r., Stolica nr 35 (977) z 28 sierpnia 1966, s. 6-7.
W 1624 Zygmunt III Waza zbudował na jego miejscu murowany Zamek Ujazdowski.
Budowa i rozbudowa królewskiej rezydencji w Ujazdowie trwała nadal w czasach Władysława IV (podczas potopu szwedzkiego mieszkał w niej Karol Gustaw; doszło wówczas do zniszczeń i grabieży).