W 1999 występował ponownie w Grêmio, z którym zdobył kolejne mistrzostwo stanu Rio Grande do Sul. W 1999 po raz drugi wyjechał do Europy do hiszpańskiego Realu Valladolid. Po powrocie do Brazylii Arilson był zawodnikiem Amériki Belo Horizonte, po czym wyjechał do Chile do Universidadu de Chile. Po kolejnym powrocie do Brazylii nastąpiły częste zmiany klubów przez Arilsona. Po powrocie z kolejnego zagranicznego wyjazdu do kolumbijskiego Independiente Santa Fe, Arilson po raz trzeci trafił do Grêmio. W Grêmio 11 grudnia 2004 w przegranym 0-1 meczu z Clube Atlético Mineiro Arilson rozegrał ostatni mecz w lidze brazylijskiejhttps://archive.is/20120720210055/http://futpedia.globo.com/campeonatos/campeonato-brasileiro/2004/12/11/gremio-0-x-1-atletico-mg Ostatni mecz w lidze. W lidze brazylijskiej rozegrał 106 meczów i strzelił 6 bramek.
W późniejszych latach występował w klubach z niższych lig. Od 2009 roku jest zawodnikiem występującego w drugiej lidze stanu Rio Grande do Sul 14 de Julho Santana do Livramento.