Dokonujące się przeobrażenia przyspieszyło przyjęcie Polski w poczet pełnoprawnych członków NATO.

W ślad za tym zmieniły się także zadania CSD. Priorytet w działalności służbowej zyskały obszary m.in. dostosowania procedur działania do struktur NATO, modernizacja i przezbrojenie sprzętu przeciwlotniczego, ale również środków dowodzenia, łączności i logistyki. Zaistniała sytuacja wymagała pilnego dokonania zmian organizacyjnych Centralnego Stanowiska Dowodzenia. Dotychczas istniejący, kilkustopniowy proces przesyłania informacji nie gwarantował właściwego reagowania na szczeblu decyzyjnym.

12 marca 1999, w obiekcie CSD przeprowadzono uroczystość zaprzysiężenia zmiany dyżurnej do dyżuru bojowego, po raz pierwszy pełniącego w zintegrowanym systemie dowodzenia państw NATO. Od chwili wejścia naszych sił zbrojnych do NATO, CSD stało się ważnym elementem systemu dowodzenia lotnictwem oraz obroną powietrzną zarówno w systemie narodowym, jak i w NATO w ramach Zintegrowanego Systemu Obrony Powietrznej (NATINADS). CSD jako jedna z pierwszych jednostek WP osiągnęła pełną integrację działania z sojusznikami z NATO.