Zmiany organizacyjne w wojsku postępowały bardzo szybko. Już w 1956 włączono w struktury CSD: Wydział Przelotów Dowództwa Wojsk Lotniczych i OPL OK (w miejsce Sekcji Ruchu Lotniczego).

W 1957 wydzielono z CSD Grupę Dowodzenia (przemianowaną później w Grupę Bojową) rozformowując Główne Stanowisko Dowodzenia Lotnictwa Myśliwskiego oraz Główne Stanowisko Dowodzenia Artylerii Przeciwlotniczej. Od tej pory Grupą Bojową kierował Dyżurny Operacyjny – Zastępca Szefa Sztabu WOPK (później WLOP). Zmiana Bojowa Grupy Dowodzenia nadzorowała i kontrolowała polską przestrzeń powietrzną.

Następujące po sobie zmiany (w 1957 powstanie: 1, 2 i 3 Korpusu Obrony Powietrznej, wydzielenie z 3 Korpusu Lotnictwa Mieszanego Dowództwa Lotnictwa Operacyjnego) zmieniło zadania CSD.

Poważne zmiany w strukturze etatu wprowadzono w 1978. Rozszerzono zadania jednostki oraz ustalono główne elementy struktury organizacyjnej, które (prawie) w niezmienionym stanie przetrwały do końca istnienia CSD.

W 1991 dokonano kolejnych poprawek w etacie jednostki. Utworzono Szkolny Ośrodek Dowodzenia oraz Wydział Operacyjny. Te zmiany etatowe poniosły za sobą zmniejszenie ilości kadry;