Ze względu na specyficzny mikroklimat i podłoże odnaleźć tu można wiele rzadkich okazów flory i fauny.
Do roślin terenów górskich można zaliczyć występujące tu: kokoryczkę okółkową, dziki bez koralowy, przenęt purpurowy, różę alpejską czy lepiężnik biały. Z roślin typowych dla obszarów podgórskich i nizinnych występują tu pospolicie zawilec gajowy, przytulia wonna, tojeść gajowa. W wielu miejscach spotkać można borówczyska.
Interesującą cechą flory Masywu jest obecność licznych suchorośli związanych głównie ze skałami serpentynitowymi i amfibolitowymi. Rosną tu między innymi gorysz siny, leniec alpejski, pięciornik biały i skalny. Charakterystyczne jest występowanie, na południowo-wschodnich serpentynitowych wzniesieniach, czterech gatunków paproci związanych wyłącznie z tą skałą: zanokcicy serpentynowej, klinowatej, ciemnej, kończystej. Trzy pierwsze można spotkać w Polsce tylko w Górach Sowich, natomiast zanokcicę kończystą odkryto tylko w starym kamieniołomie na Gozdniku. Dla ochrony rzadkich i endemicznych roślin, zabytków megalitycznych, a także dla zachowania specyficznego krajobrazu zaczęto tworzyć rezerwaty.