Ponadto obszar LKP Bory Tucholskie częściowo pokrywa się z obszarami Natura 2000: Bory Tucholskie (PLB220009), Sandr Wdy (PLH040017), Doliny Brdy i Stążki w Borach Tucholskich (PLH040023), jak również z rezerwatem biosfery Bory Tucholskie.
Najliczniejszą formą ochrony przyrody stanowią rezerwaty przyrody. + Rezerwaty przyrodyw LKP Bory Tucholskie Rezerwat Nadleśnictwo Bagna nad Stążką Tuchola Bagno Grzybna Woziwoda Brzęki im. Zygmunta Czubińskiego Osie Cisy nad Czerską Strugą Woziwoda Dolina Rzeki Brdy Woziwoda, Tuchola Dury Osie Grabowiec Dąbrowa Jeziorka Kozie Woziwoda Jezioro Ciche Trzebciny Jezioro Fletnowskie Dąbrowa Jezioro Łyse Osie Jezioro Piaseczno Trzebciny Jezioro Zdręczno Woziwoda Kuźnica Osie Jezioro Martwe Trzebciny Miedzno Osie Osiny Osie Ostnicowe Parowy Gruczna Dąbrowa Ustronie Woziwoda Źródła Rzeki Stążki Tuchola
Zrównoważona gospodarka leśna W ramach gospodarki leśnej prowadzone są prace mające na celu odtworzenie naturalnych walorów lasu.