Poruszony przykładem Ruyscha od 1693 roku rozpoczął sekcje na własnej, amputowanej wcześniej, nodze. W trakcie tych badań Verheyen odkrył ścięgno piętowe, inaczej zwane ścięgnem Achillesa. Z notatek wynika, że jego celem było udowodnienie, iż dręczący go ból w rzeczywistości pochodził z amputowanej kończyny wykluczając tym sposobem przyczyny psychosomatyczne. Dowodząc tego, dałby konkretny fundament pod filozofię neutralizmu SpinozyVan Paemel, Filip Verheyen, p. 77-81..
W 1693 roku ujrzała światło dzienne publikacja jego autorstwa pt. Corporis Humani Anatomia. Druga rozszerzona edycja opublikowana została w 1706. W pierwszej dekadzie XVIII wieku książka była uznawana jako podręcznik w prawie wszystkich uniwersytetach Europy.
W 1705 Verheyen był rektorem już tylko z tytułu. Jego stan zdrowia znacznie się pogorszył, a on sam wycofał się z życia publicznego, spędzając coraz więcej czasu w prywatnym laboratorium. Jego notatki stawały się coraz mniej składne, a w 1708 niemalże nieczytelnePieter Deheijde; Amputaties/ Bewaringen, p. 53-61.