W roku 1880 ówczesny prezes Towarzystwa Stanisław Egbert Koźmian przekazał Towarzystwu najcenniejszy dar: książki pozostałe po bracie, księdzu kanoniku Janie Koźmianie (1814-1877). Księgozbiór liczący ponad 8 tys. dzieł w 12 tys. tomów zawierał zbierane z wielkim znawstwem najwybitniejsze dzieła literatury i nauki europejskiej od XV do XIX wieku. Ponadto wpłynęły legaty historyka Kazimierza Szulca (1825-1887), księdza Wrócisława Krzyżanowskiego (1836-1923) – większość tych i innych kolekcji z wyraźną przewagą literatury „historycznej”. Książki te można było wypożyczać z Biblioteki za kaucją. Opiekę nad Biblioteką sprawowali konserwatorzy zbiorów Towarzystwa – Hieronim Feldmanowski (1822-1885) w latach 1868-1881, i Klemens Kantecki (1851-1885), w latach 1882-1885, który zaprowadził pierwszy katalog „karteczkowy”, na wzór istniejącego w Bibliotece Ossolińskich we Lwowie. W 1885 r. Zarząd zwrócił uwagę na konieczność uzupełniania zbiorów o najnowszą literaturę naukową czyli „przechodząc dyscyplinami, sprawiać to, co najniezbędniejsze”. Praktycznie jednak zadanie gromadzenia najnowszej literatury z zakresu nauk ścisłych czy stosowanych wzięły na siebie tworzone w łonie Towarzystwa wydziały.