Mudejarowie spotykali się z naciskiem religijnym zarówno ze strony chrześcijan, jak i swoich współwyznawców z islamskich krajów. Ci ostatni uważali, że płacenie podatków niewiernym jest łamaniem prawa koranicznego i nawoływali do migracji. Kościół katolicki z kolei uważał, iż działalność Mudejarów ma negatywny wpływ na ich chrześcijańskich sąsiadów i powinni zostać bezzwłocznie wydaleni. W 1502 roku zniesiono nietykalność gwarantowaną przez akt kapitulacyjny i od tamtej pory Mudejarowie poddawani byli czasami próbom przymusowego nawrócenia na chrześcijaństwo, które jednak długo przejawiały się tylko w nakazie uczestnictwa w wystąpieniach kaznodziejów. Kościół generalnie sprzeciwiał się przymusowym chrztom. Społeczeństwo często odnosiło się do nich nieufnie, co podyktowane było także faktem, iż obydwie grupy żyły w zasadzie oddzielnie - kontakty były bowiem prawnie zakazane. Przepis ten był jednak często łamany, na przykład w przypadku lekarzy, których Mudejarowie mieli świetnych i chrześcijanie często korzystali z ich usług. Tak naprawdę, jedynie koronie zależało na pozostaniu Mudejarów w granicach królestw chrześcijańskich, gdyż płacili oni podatki.