Wydarzenia z tego okresu Paul van Buitenen opisał w książce Blowing the Whistle: Fraud in the European Commission, wydanej przez Politicos Pub w 2000. Został wówczas uhonorowany tytułem „Europejczyka Roku” przez magazyn „Reader’s Digest”. W późniejszych latach podważono pewną część podawanych przez niego informacji, m.in. w 2004 umorzono postępowanie sądowe przeciwko Édith Cresson.

W 1999 Paul van Buitenen został członkiem belgijskiej partii zielonych Agalev. W 2002 wstąpił do niderlandzkiej Partii Socjalistycznej.

Przed wyborami europejskimi w 2004 założył własne ugrupowanie pod nazwą Transparentna Europa, które – pod hasłami walki z korupcją – wprowadziło dwóch europosłów VI kadencji. Jeden z mandatów objął Paul van Buitenen. Został członkiem grupy Zielonych i Wolnego Sojuszu Europejskiego, a także Komisji Kontroli Budżetowej. W PE zasiadał do 2009.

W 2006 ujawnił w mediach, że według niego Frits Bolkestein, były komisarz ds. usług i rynku wewnętrznego, jest członkiem rady doradczej rosyjskiego banku Menatep, w którym miały być prowadzone tajne konta spółki Clearstream, świadczącej usługi finansowe.