Tymczasem, z pomocą wiernych, przystąpiono do adaptacji dawnej gorzelni Muszkietów, przerobionej później do roli owczarni, na kościół, m.in. zbudowano wieżę. Budynek służył kultowi tylko do 6 października 1941, kiedy to naziści zamienili go na magazyn sprzętu sanitarnego armii niemieckiej. Proboszcz Leonard Gierczyński został wywieziony do obozu w Dachau, skąd powrócił dopiero po wojnie.
Jeszcze w czasie trwania Bitwy o Poznań, 20 lutego 1945 przybył na Junikowo ks. Feliks Michalski, misjonarz św. Rodziny. W 1948 został inkardynowany i stał się księdzem diecezjalnym, pełniąc funkcję junikowskiego proboszcza. Jeszcze w 1945, przy pomocy wiernych, wyremontowano zdewastowany kościół, a w 1948 podjęto budowę plebanii. W 1952 postawiono nowy ołtarz z granitu. W latach 1967–1969 dokonano natomiast zmian posoborowych. W 1970 podjęto działania mające na celu wytopienie nowych dzwonów – jeden pozostał z 1938. Poświęcił je ks. bp Antoni Baraniak 12 czerwca 1971.
10 sierpnia 1974 uzyskano od władz zgodę na budowę nowej (obecnej) świątyni. Znów podczas prac, dużą część działań wykonali sami mieszkańcy okolicy. Stan surowy uzyskano w 1978, a poświęcenia gotowego kościoła dokonał abp Jerzy Stroba 16 listopada 1988.