W listopadzie 1907 przełożony monasteru św. Onufrego, archimandryta Józef, został decyzją Synodu przeniesiony do eparchii nowogrodzkiej. 1 grudnia tego samego roku hieromnich Serafin objął obowiązki p.o. przełożonego. Dwa tygodnie później w głosowaniu mnichów został wybrany do pełnienia tejże funkcji na stałe. Po raz pierwszy od kilku dziesięcioleci nowego przełożonego wytypowała sama wspólnota, nie zaś Świątobliwy Synod Rządzący. Organ ten jedynie zatwierdził dokonany wybór w dniu 18 stycznia 1908, zaś 2 lutego tego samego roku hieromnich Serafin otrzymał godność archimandryty.
Jako przełożony klasztoru w Jabłecznej Serafin (Ostroumow) doprowadził do wzniesienia w bezpośrednim sąsiedztwie monasteru kaplicy Zaśnięcia Matki Bożej (poświęconej w sierpniu 1907), jak również sfinalizował prace nad organizacją filialnego skitu Świętych Sergiusza i Hermana nad Jeziorem Białym (otwartego w 1909). Obydwie inwestycje również sfinansował ks. Nikołaj Kopiew. Kolejnym obiektem zbudowanym w monasterze w czasie kierowania nim przez archimandrytę Serafina była kaplica Spotkania Pańskiego wzniesiona nad brzegiem Bugu. Budynek ten został zbudowany za pieniądze ze składek wiernych i poświęcony w 1912. W tym samym roku działalność rozpoczęła druga filia klasztoru – w Dratowie.