Po powrocie z mistrzostw, 24 czerwca 2002 Engel złożył dymisję, po czym zastąpił go dotychczasowy wiceprezes PZPN Zbigniew Boniek.
Po rocznej przerwie Engel powrócił do pracy dyrektora sportowego, najpierw w Legii, później w Polonii.
W 2002 za zasługi na rzecz rozwoju sportu został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi.
Od czerwca do października 2005 roku był szkoleniowcem Wisły Kraków, z którą był bliski wywalczenia pierwszego w historii awansu do Ligi Mistrzów (porażka w dwumeczu z Panathinaikosem Ateny; 3:1 w domu, 1:4 na wyjeździe po dogrywce). Został zdymisjonowany po przegranej z Vitorią Guimarães w rozgrywkach o Puchar UEFA.
Od grudnia 2005 do maja 2006 roku pracował w APOEL-u Nikozja. Zdobył z nim Puchar Cypru.
Sukcesy szkoleniowe awans do drugiej ligi w sezonie 1982/83 z Hutnikiem Warszawa wicemistrzostwo Polski 1986 z Legią Warszawa wicemistrzostwo Cypru 1990 z Apollonem Limassol mistrzostwo Polski 2000 z Polonią Warszawa (razem z Dariuszem Wdowczykiem, po rundzie jesiennej odszedł z klubu do reprezentacji) awans do mundialu 2002 i start w tym turnieju (runda grupowa) z reprezentacją Polski Puchar Cypru 2006 z APOEL FC Nikozja Trener roku 2000 i 2001 według tygodnika Piłka Nożna