Jedna z opublikowanych jeszcze podczas wojny relacji mówi o wymordowaniu „całego plutonu” jeńców, którym Niemcy mieli kazać klęczeć z podniesionymi rękoma i których następnie wymordowali ogniem broni maszynowej. Ponadto część jeńców miała zostać przewieziona do Zakroczymia i tam rozstrzelana pod murem cmentarza żydowskiego lub na Gałachach. W drodze do punktów zbiorczych polscy żołnierze widzieli liczne ciała swoich kolegów, których ułożenie świadczyło o tym, iż zostali zabici już po zakończeniu walki. Oszczędzonych jeńców Niemcy potraktowali bardzo brutalnie, bijąc ich, kopiąc oraz zmuszając do wielogodzinnego stania z rękami podniesionymi do góry. Oficerowie, którzy próbowali interweniować w obronie swoich podwładnych, również byli bici.
Równie brutalnie potraktowali Niemcy ludność cywilną Zakroczymia. W zajętym mieście esesmani rozstrzelali wielu mieszkańców, zwłaszcza pochodzenia żydowskiego. Do domów i piwnic wrzucano granaty, zabijając lub raniąc wiele osób. Niemieccy żołnierze włamywali się do domów i mieszkań, dokonując następnie rabunków i niszczenia mienia. Wiele zabudowań zostało podpalonych.