Ostatecznie Profesor Xavier, Wolverine, Bishop i pozostali X-Men przyszłości niszczą Master Molda, a X-Men „teraźniejszości” z pomocą Emmy Frost uwalniają Phoenixa który opuszcza Ziemię. Przyszłość zostaje zmieniona, ale Xavier twierdzi, że rozpoczęła się teraz Era Apokalipsa.
Postaci X-Men Wolverine (James Howlett/Logan) – po eksplozji lider X-Men, staje się bardziej odpowiedzialny w stosunku do komiksowego odpowiednika. Ma moc regeneracji, szpony oraz posiada kości pokryte metalem – Adamantium. Cyclops (Scott Summers) – jest w depresji po śmierci Jean, robi co może aby ją odnaleźć. Potrafi strzelać promieniem energii z oczu. Beast (Hank McCoy) – naukowiec, jego mutacja objawia się zwiększoną wytrzymałością i zręcznością. Nightcrawler (Kurt Wagner) – pochodzi z Niemiec, może się teleportować, jeśli widzi cel teleportacji. Shadowcat (Kitty Pryde) – ma moc przenikania wszystkiego np. ludzi, ścian, sufitu, pocisków itp. Storm (Ororo Munroe) – pochodzi z Afryki, w młodości była złodziejem, potrafi kontrolować pogodę. Rogue (Anna Marie) – na początku dołącza do Bractwa Złych Mutantów, później wraca do X-Men. Potrafi odbierać na krótki czas moc innych mutantów. Emma Frost – należy do Hellfire Club, jej zadaniem jest zlokalizować Phoenixa. Jest zakochana w Cyclopsie i stara się mu pomóc w jego depresji.