Dyrektorem nowej służby został generał porucznik Jurij Krapiwin.
Po starciu z parlamentem w 1993 roku, z obawy o własne bezpieczeństwo, Borys Jelcyn zatwierdził utworzenie instytucji, której zadaniem miała być tylko i wyłącznie ochrona prezydenta FR. Na mocy tej decyzji powstała Służba Bezpieczeństwa Prezydenta FRG. Bennett, The Federal Security Service of the Russian Federation, 2000, s. 17.. Początkowo była ona samodzielnym urzędem państwowym powstałym po wydzieleniu części GZO, wyspecjalizowanego do ochrony głowy państwa. SBP miała prawo gromadzić i przetwarzać informacje o zagrożeniach krajowych i zagranicznych. W 1994 roku, na żądanie Jelcyna, SBP utworzyła wydział „P” odpowiedzialny za zwalczanie korupcji wśród personelu rosyjskiego rządu. Służba miała uprawnienia do bezpośredniego współdziałania z organami sądowniczymi Rosji. W połowie lat 90. SBP utworzyła sekcję ochrony kobiet, która miała zapewnić bezpieczeństwo żon przyjezdnych zagranicznych głów państwa oraz kobiet z rodziny Jelcyna. Szef SBP miał uprawnienia ministra federalnego. W latach 1993–1996 SBP dowodzili kolejno gen. Aleksander Korżakow oraz Jurij Krapiwin. Służba Bezpieczeństwa Prezydenta Rosji została połączona z Federalną Służbą Ochrony w sierpniu 1996 r. (GZO zostało przemianowane na FSO, dwa miesiące wcześniej, w czerwcu 1996 r.).