Ministerstwo Sportu i Turystyki stwierdziło, że PZPN jako stowarzyszenie nie posiada właściwości do nadawania nazw obiektom sportowym (Stadion Narodowy w Warszawie to nazwa zarejestrowana w Urzędzie Patentowym, na rzecz Ministerstwa Sportu i Turystyki).
W 1994 r. rozpoczęła się gruntowna przebudowa obiektu. Pierwszy etap zakończono w 1997 r., a drugi w 2001 r. W październiku 2007 r. zamontowano system podgrzewający płytę boiska oraz wymieniono murawę. thumb|Stadion Śląski w trakcie przebudowy (maj 2011 r.).
Kolejny etap przebudowy rozpoczął się w 2009 roku. Plany kilkukrotnie zmieniano, np. początkowo planowano rozbudować trybuny do ponad 55 tys. miejsc (jest 54 378), a krzesełka miały być białe i czerwone (są niebieskie). Ponadto wybudowano pełne zadaszenie, a tor żużlowy zastąpiła lekkoatletyczna bieżnia. W 2011 pękł jeden z elementów konstrukcyjnych odpowiedzialnych za stabilność ważącego ponad 220 ton poszycia dachu (tzw. krokodyla), co znacznie opóźniło ukończenie inwestycji. Przebudowę zakończono latem 2017, a nowy stadion otwarto 1 października 2017.