W sezonie 2001/2002 Wybrzeże odpadło z LM w drugiej rundzie eliminacji, przegrywając z CSKA Moskwa.
Klub został reaktywowany w 2010. Przystąpił wówczas do rozgrywek II ligi, w których nie przegrał żadnego meczu, awansując do I ligi. W 2011 Wybrzeże porozumiało się z władzami Akademii Wychowania Fizycznego i Sportu im. Jędrzeja Śniadeckiego w Gdańsku, które udostępniły mu swoją halę do odbywania treningów i rozgrywania meczów. Również w 2011 zmieniono nazwę klubu na Spójnia Wybrzeże Gdańsk, aby podkreślić, że do reaktywacji zespołu przyczyniły się także osoby ze środowiska nieistniejącej Spójni Gdańsk. Zmiana ta spotkała się protestem kibiców. Wobec utworzenia w Gdyni klubu o nazwie Spójnia, zarząd Spójni Wybrzeża podjął latem 2012 decyzję o powrocie do nazwy Wybrzeże Gdańsk. W pierwszoligowym sezonie 2012/2013 szczypiorniści gdańskiej drużyny wygrali 21 z 24 meczów, co spowodowało, że zajęli 2. miejsce w tabeli i przystąpili do gry w pierwszej rundzie baraży o awans do Superligi – zostali w niej pokonani przez Nielbę Wągrowiec (21:23, 23:22).