Studio Muzyki Elektroakustycznej Akademii Muzycznej w Krakowie zostało założone w 1973 przez Józefa Patkowskiego, stając się drugim – po Studiu Eksperymentalnym Polskiego Radia w Warszawie – centrum muzyki elektronicznej w Polsce. Służyło studentom krakowskiej uczelni oraz kompozytorom piszącym muzykę filmową, teatralną, radiową i telewizyjną.
W 1989 roku amerykańska Fundacja Fulbrighta rozpoczęła program wspierający Akademię Muzyczną poprzez zainstalowanie systemu komputerowego opartego na komputerze Macintosh. Fundatorami dodatkowego wyposażenia byli m.in. dr Richard Boulanger, Berklee College of Music i Stendal Foundation. W roku 2001 powstało także Studio Multimediów, które podczas rozwoju połączono z dwoma studiami komputerowymi lokalną siecią komputerową. W czerwcu 2004 Studio było inicjatorem powstania Polskiego Stowarzyszenia Muzyki Elektroakustycznej, polskiej sekcji Międzynarodowej Konfederacji Muzyki Elektroakustycznej w Bourges.
Od 2000 roku kierownikiem Studia jest Marek Chołoniewski, który zastąpił na tym stanowisku Józefa Patkowskiego. W tym też roku, podczas przenosin Akademii do nowego gmachu, studio zostało umiejscowione w antresoli pomiędzy parterem a pierwszym piętrem budynku od strony ulicy Św.