Ataki Indian thumb|Adnotacja na kopercie: "odzyskane po kradzieży przez Indian w 1860". List dotarł do adresata po dwóch latach W krótkich dziejach Pony Express tylko raz zdarzyło się, że przesyłka nie doszła na czas, kiedy to po ośmiu niezakłóconych podróżach pomiędzy Sacramento i Saint Joseph Pony Express musiał na krótko zawiesić działalność. Stało się tak na skutek wybuchu wojny z indiańskim plemieniem Pajutów w Nevadzie, która właściwie była serią napaści i zasadzek zastawianych przez Indian. Wojna ta miała miejsce w maju i czerwcu 1860 roku, chociaż do sporadycznych starć dochodziło i później.
Pajutowie, zamieszkujący rezerwaty w Nevadzie, bardzo ucierpieli tamtej zimy z powodu burz śnieżnych i braku niedostarczanego przez administrację pożywienia. Na wiosnę całe, liczące około 6000 osób plemię było gotowe do wojny z białymi. Sprzeciwiał się temu jedynie wódz Numaga. Przez trzy dni Numaga próbował nakłonić swych współplemieńców do odstąpienia od zamiaru uderzenia, jednak 7 maja kilku Indian napadło na stację Williams Pony Express i zabiło pięciu jej pracowników. William Fisher, jeden z kurierów Pony Express, był przez Indiań ścigany i trafiony w policzek strzałą, która wybiła mu trzy zęby.